Probabilmente non tutti i moduli di ricerca sono stati attivati per la scansione. Il problema si risolve come segue:

Eseguire Spybot - Search & Destroy e andare in Modalità avanzata tramite la voce Modalità nella barra dei menù, quindi selezionare Impostazioni → Moduli di ricerca nella barra a sinistra. Qui, fare clic destro in qualsiasi punto dell'elenco e scegliere Seleziona tutti i possibili controlli.