Oui, Spybot-S&D gère complètement PE en général ainsi que PEBuilder. Vous pouvez télécharger l'extension (plugin) nécessaire ici (version 1.4) ou ici (version 1.5), ou le lancer depuis votre disque dur après avoir amorcé (booté) sur un disque PE.

Une fois lancé depuis votre CD bootable PE, Spybot-S&D va balayer automatiquement la totalité du Registre et des lecteurs qu'il peut trouver (si vous voulez avoir cette fonction sans PE, lisez cet article de la FAQ).